La trayectoria histórica de las instituciones de gobierno de Formentera es más bien corta. Aún así, debemos retroceder al primer cuarto del siglo XIX para encontrar el nacimiento del Ayuntamiento de Formentera, creado en agosto de 1822 por parte de la Diputación Provincial como uno más de los ayuntamientos rurales de las Pitiüses. En 1837 se definió una división municipal de las Pitiüses en seis municipios, uno de los que correspondía a toda la isla de Formentera. Pero la precariedad del sistema productivo del siglo XIX comportaba un importante grado de pobreza, agravado por frecuentes sequías que menguaban todavía más las cosechas. La miseria, sumada a la dispersión de la población en cualquier parte del territorio, desembocó en la imposibilidad de mantener una mínima actividad administrativa, de forma que el gobierno del Estado optó por suprimir el ayuntamiento formenterés a instancias de la Diputación Provincial, en noviembre de 1869 .
De este modo, la isla quedó nuevamente bajo la administración municipal de Eivissa. No fue hasta el mes de abril de 1888 que se volvió a restituir el Ayuntamiento de Formentera. El nacimiento del Consell Insular de Formentera propiamente dicho es bien reciente, puesto que tiene lugar dentro de la primera década del siglo XXI. La Ley Orgánica 1/2007, de 28 de febrero, de reforma del Estatuto de autonomía de las Islas Baleares, contemplaba la creación de un consell insular propio para la isla. Su aplicación, por lo tanto, quedó materializada el 10 de julio de 2007, con la toma de posesión de la primera corporación surgida de las elecciones celebradas en junio de aquel mismo año y la plena asunción de competencias por parte de la institución a día primero de enero de 2008. Desde entonces, el Consell Insular de Formentera ha crecido y en 2017 ya celebró su décimo aniversario. El objetivo principal de la institución es ofrecer cada día un servicio mejor a los residentes de la isla y turistas que nos visitan.
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